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丁蓓

1. 基本信息

姓名:丁蓓

职称:特别研究员

电话:

邮箱:bei.ding@sjtu.edu.cn

主页:scce.sjtu.edu.cn

通讯地址:


2. 教育经历

2005-2009:北京大学化学与分子工程学院 ,化学,学士

2009-2014:美国密西根大学,电气工程(光学方向),硕士

      美国密西根大学, 物理化学,博士


3. 工作经历

2014-2017:美国宾夕法尼亚大学,博士后

2017-至今:上海交通大学化学化工学院,特别研究员,博士生导师(物理化学和生物化学方向)


4. 研究方向

1) 含黄素辅基的光敏蛋白动力学机理研究

含黄素辅基的蛋白质在自然界有广泛的分布并展现了多样的功能。课题组结合分子生物学和超快光谱学手段研究此类蛋白的分子机理。目前课题组开展的课题包括:1. 解析蓝光光受体蛋白BLUF域的光化学和异构化过程,理解其生物功能。2. 结合非平衡态电子转移理论,研究黄素氧化还原蛋白的光致电子转移过程。3. 解析光解酶光致还原机理和修复损伤DNA机理。

2) 疾病相关淀粉样蛋白聚集动力学研究

淀粉样蛋白的聚集和多种退神经性疾病例如阿兹海默症、渐冻症、帕金森症密切相关。课题组结合非天然氨基酸修饰和红外光谱,研究淀粉样蛋白片段特定位点的聚集动力学。目前课题组研究的体系是与渐冻症相关的SOD 1蛋白片段和与糖尿病相关的胰淀素蛋白片段。

 

5. 科研项目

主持国家自然科学基金面上项目、青年科学基金、上海科委“扬帆计划”项目、上海教委“晨光计划”项目。


6. 荣誉奖励

2013 美国密西根大学Barbour Scholarship

2012 美国密西根大学Rackham International Research Fellowship

2008 北京大学莙政学者


7. 代表性论文

Ding, B.; Yang, L.; Mukherjee, D.; Chen, J.; Gao, Y.; Gai, F. Microscopic Insight into the Protein Denaturation Action of Urea and Its Methyl Derivatives. J. Phys. Chem. Lett. 2018, 9, 1–12.

Hilaire, M. R.#; Ding, B. #; Mukherjee, D. #; Chen, J.; Gai, F. Possible Existence of α-Sheets in the Amyloid Fibrils Formed by a TTR 105–115 Mutant. J. Am. Chem. Soc. 2018, 140 (2), 629–635. (#co-first author)

Ding, B.; Mukherjee, D.; Chen, J.; Gai, F. Do Guanidinium and Tetrapropylammonium Ions Specifically Interact with Aromatic Amino Acid Sidechains?  Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.  2017, 114, 1003-1008

Ding, B.; Hilaire, M. R.; Gai, F. Infrared and Fluorescence Assessment of Protein Folding and Functional Dynamics. J. Phys. Chem. B (Feature Article), 2016, 120, 5103-5113

Ding, B.; Jasensky, J.; Li, Y.; Chen, Z. Engineering and Characterization of Peptides and Proteins at Surfaces and Interfaces: A Case Study in Surface-Sensitive Vibrational Spectroscopy. Acc. Chem. Res. 2016, 49, 1149-1157

Ding, B.; Panahi, A.; Ho, J. J.; Laaser, J. E.; Brooks, C. L.; Zanni, M. T.; Chen, Z. Probing Site-Specific Structural Information of Peptides at Model Membrane Interface in Situ. J. Am. Chem. Soc. 2015, 137, 10190-10198

Ding, B.; Tesmer, J.; Chen, Z. Unveiling the Membrane-Binding Properties of N-terminal and C-terminal Regions of G Protein-Coupled Receptor Kinase 5 by Combined Optical Spectroscopies. Langmuir 2013, 30, 823-831

Ding, B.; Laaser J. E.; Liu Y.; Wang P.; Zanni M. T., Chen, Z. Site-specific Orientation Determination of an α-helical Peptide Ovispirin-1 from Isotope labeled Sum Frequency Generation. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 14625-14634

Ding, B.; Soblosky L., Nuygen, K.; Geng J.; Yu X.; Ramamoorthy A.; Chen, Z. Physiologically-Relevant Modes of Membrane Interactions by the Human Antimicrobial Peptide, LL-37, Revealed by SFG Experiments. Sci. Rep. 2013, 3, 1854

Ding, B.; Chen, Z. Molecular Interactions between a Cell Penetrating Peptide Pep-1 and Model Cell Membranes. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 2545-2552

Ding, B.; Washington, V.; Dunietz, B. D. On the Conditions for Enhanced Transport Through Molecular Junctions Based on Metal Centers Ligated by Pyridazino-derived Ligands. Mol. Phys. 2010, 108, 2591-2599

 

8. 其它

课题组目前2020年博生生名额已用完,仍有硕士生名额,欢迎联系。

课题组长期欢迎化学学院优秀本科生进组进行科研实习,要求对物理化学或生物化学有一定兴趣。课题组项目属于交叉领域,也欢迎有一定计算机、光学或生物背景的外院本科生加入。目前课题组本科生已成功申报莙政项目一项,PRP项目两项。

 







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